Muğla ili, Yatağan ilçesi, Eskihisar Mahallesi’nde bulunan Stratonikeia, Karia Bölgesi’nin iç kısmında yer alan antik kentlerden birisidir. Bu yerleşime ait kalıntılar Yatağan Ovası’nın batısında, Kurukümes Dağı’nın kuzeyinde, Kadıkulesi Tepesi’nin kuzey yamacı ve devamındaki düzlüktedir. Burada, antik dönemlerden günümüze farklı dönemlere ait kalıntılar, yerleşim dokusu içinde birlikte görülebilmektedir.
Yatağan Ovası kuzeyde Çine Çayı vasıtasıyla Alabanda ve Alinda antik kentlerinden sonra Menderes Irmağı’na, güneyde ise Pisye üzerinden Idyma ile birlikte Gökova Körfezi’ne ulaşılmaktadır. Doğuda Hyllarima üzerinden Aphrodisias, sonrasında Tabai Ovası’ndan Lykos Vadisi’ne geçilmektedir. Batıda ise Keramos, Halikarnassos ve Iasos gibi liman kentlerine ulaşım sağlamaktadır. Bu ulaşım ağı kolaylığı, her dönem için kuzeyden güneye ve doğudan batıya yolculuk yapanların Stratonikeia üzerinden geçmesine neden olmuş ve böylelikle kentin önemi artmıştır. Tüm bunların yanı sıra, Yatağan Ovası ve devamında Çine Ovası’nı besleyen suyun ana kaynaklarının Stratonikeia merkezinden ve hemen yakınından çıkmasının ayrıcalığının da fazla olduğu açıktır.
Ulaşım kolaylığı ve sahip olduğu stratejik konumu nedeniyle tarih boyunca önemini hep koruyan Stratonikeia’nın yakın çevresindeki kalıntılar, Gökbel Dağları’nın güney yamaçlarındaki kaya resimlerine göre Neolitik Dönem’e, yerleşim olarak ise Stratonikeia’nın 5 km doğusunda, Yatağan Çayı kenarında bulunan Asartepe Höyük’teki buluntulara göre Kalkolitik Dönem’e kadar inmektedir. Stratonikeia kent merkezindeki buluntulardan en eskisi ise kentin Batı Nekropolü’nde tespit edilen ve benzerleri Iasos’ta bulunmuş olan Kyklad tipi mezardır. Merkez olarak burada, MÖ 2. Bin ortalarından itibaren günümüze kadar yerleşimin devam ettiği düşünülmektedir.
Arkaik Dönem öncesindeki yerleşimin tam yayılım alanı ve buna bağlı olarak büyüklüğü konusunda kesin bir veriye ulaşılmamış olmakla birlikte, varlığı konusundaki veriler her geçen gün artmaktadır. Hititler Dönemi’nde 3. Hattuşili (MÖ 1267-1237) ve 4. Tuthaliya (M.Ö. 1237-1209) Dönemleri’nden Tawagalawa ve Milawata mektuplarına göre buradaki yerleşimin Atriya olduğu düşünülmektedir. Bu isim sadece merkezi bir yerleşimin dışında, çevresini de içine almaktaydı. Mevcut kalıntılara göre, Arkaik Dönem’de Kadıkulesi Tepesi’nin kuzey yamaçlarını kapsayan bir savunma sistemine sahip bir yerleşimin olduğu açıktır. Bu dönemde yerleşim Khrysaoris olarak bilinmekteydi. Aynı yerleşim MÖ 5. yy içinde (MÖ 484-430) Idrias olarak geçmekteydi.
Bu tarihlerden sonra, Hekatesia adını alan yerleşim (MÖ 430-268) özellikle MÖ 4. yy’da, Hekatomnidler idaresinin bölgede en güçlü olduğu dönemde, Kadıkulesi Tepesi’nin kuzeyindeki düzlüğü de içine alacak şekilde en geniş mermer Sur Duvarı ile çevrilerek iyi tahkim edilmiş bir savunma sistemine sahip olmuştur. Bu dönemde Kadıkulesi Tepesi üzerindeki eski sur duvarı tamir edilmiş, eski kapıların olduğu yerlere daha anıtsal girişler düzenlenmiş ve düzlük alanda ise yeni sur duvarı inşa edilmiştir. Kentin en büyük imarının bu dönemde olduğu ve önceden var olan çevredeki küçük yerleşimlerin bu dönemde bir araya gelerek, şimdi bulunduğu alanda merkezi bir kent oluşturulduğu anlaşılmaktadır. M.Ö. 268 yıllarından itibaren Bizans Dönemi de dahil olmak üzere Stratonikeia adını kullanan kent, Roma İmparatorluk Dönemi’nde kısa bir süre (MS 138-161 yılları arasında) Hadrianoupolis olmuştur.
Hellenistik Dönem içerisinde, Seleukos, Ptolemaios ve Rodos arasında sık sık el değiştiren Stratonikeia’da en anıtsal yapılar MÖ 2. yy’da inşa edilmiştir. Bundan sonraki süreçte özellikle Erken İmparatorluk Dönemi’nde çok ciddi bir imar faaliyeti gerçekleştirildiği dikkati çekmektedir. Bu imar faaliyeti aynı şekilde devam etmiş ve özellikle MS 2. yy’da büyük bir artış olmuştur. Bu yüzyıldaki kadar olmasa bile MS 3. yy’da da yeni yapı inşasının devam ettiği anlaşılmaktadır.
MS 325 yılında Hıristiyanlığın resmi din olarak kabul edilmesinden sonra kentte yeni bir süreç başlamıştır. Bu dönemde, Roma İmparatorluk ve öncesine ait bazı yapıların fonksiyonunun değiştirilmesinin yanı sıra, var olan mimari elemanlar ve yapılar, bulundukları yerde veya başka alanlara taşınarak, yeniden bir mimari atılım süreci gerçekleştirilmiştir. Bu süreç özellikle MS 5-6. yy’da en üst seviyeye ulaşmıştır. Yerleşim alanı olarak daha çok aşağı kent olarak nitelendirebileceğimiz düzlük alan kullanılmıştır. Erken Bizans Dönemi’nde Erikli Kilisesi haricinde, düzlük alandaki kent merkezinde, resmi ve dini yapılar ağırlıklı olarak, Kuzey Şehir Kapısı ile Kuzey Cadde ve bunun çevresinde gerçekleşmiştir. Bizans Dönemi’nde kentin sur duvarı dışındaki Kilise Kalıntısı hariç tutulursa, ağırlıklı olarak kentin kuzeybatı bölümünde yerleşim olmuştur.
Tüm bu ilerleme ve mimari atılıma rağmen, MS 7. yy’ın ilk yarısından sonra bir gerileme ve kentte küçülme başlamış, bu durum MS 10. yy içlerine kadar sürmüştür. Bu durumun nedenleri arasında savaşlar olmakla birlikte, en önemli sebeplerinin deprem ve salgın hastalıklar olduğu anlaşılmaktadır. Orta Bizans Dönemi’nde MS 11-12. yy’da yeniden bir hareketlenme görülse de hiçbir zaman Erken Bizans Dönemi’ndeki yerleşim büyüklüğü ve nüfus yoğunluğuna sahip olmamıştır. Bu dönemde kent merkezinde küçük bir topluluğun olduğu, daha çok çevredeki alanlarda yerleşimlerin sürdürüldüğü, atölye ve işlik alanlarının da çevredeki birimlere dağıldığı anlaşılmaktadır.
MS 12. yy ortalarından sonra başlayan siyasi hareketlenmeler, sonrasında MS 13. yy başlarından itibaren Beylikler Dönemi’nin başlamasına imkan sağlamıştır. Daha önceki kentin kuzeydoğusunda bulunan ağırlıklı yerleşim, bu dönemde kentin kuzeybatısında, kaynağın bulunduğu alan ve çevresinde devam etmiştir. Beylikler Dönemi’ne tarihlenen Selçuk Hamamı ve diğer yapılar bu alan çevresinde yoğunlaşmaktadır. Osmanlı Dönemi’nde ise kent tekrardan genişlemiş ve aşağı kentin tamamını kaplamıştır. Osmanlı Dönemi dini ve sivil yapıların yanı sıra, yerleşim içindeki kent dokusu, boya atölyeleri, işlikleri, sokakları, meydanı ile birlikte, Erken Bizans Dönemi’nden sonra en iyi dönemini bu zamanda yaşadığı anlaşılmaktadır. Bu dönemlerde yerleşim Osmanlı Dönemi’nde Eskişar, Cumhuriyet Dönemi’nde ise Eskihisar olarak isimlendirilmiştir. Mevcut kalıntılar ve gravürlerde görülen Osmanlı Dönemi kent dokusu ve mimari yapılara göre Osmanlı Dönemi’nde yerleşimin önemli merkezlerden birisi olduğunu söylemek mümkündür. Hicri ve Rumi tarihleri üzerinde olan yapıların korunduğu Osmanlı Dönemi yerleşimi, Cumhuriyet Dönemi’nde de aynı şekilde korunmuş ve bazı yeni yapılar eklenerek yerleşim sürdürülmüştür.
Yerleşimin imarı ve yeni yapıların inşasında en önemli etkenlerden birisinin depremler olduğu açıktır. Sık sık görülen küçük şiddetli depremlerin dışında, yapılan araştırmalar tarihi dönemler içinde bazılarının 7,5 şiddetinde olduğunu ortaya koymuştur. Bu durum kent tarihinde çok yıkıcı depremlerin olduğunu göstermektedir. Yerleşimin tarihi açısından, son zamanlara ait en önemli deprem 1957 yılında yaşanmıştır. Çünkü bu deprem sonrasında köylülerin başka alanlara göçmelerine izin verildiği gibi birkaç aileden oluşan gruplar da teşvik edilmiştir. Bu dönemde mevcut eski köyün kuzeyinde yeni yerleşim alanı oluşturulmuş ve köylülerden isteyenlerin oraya da taşınabilmesi sağlanmıştır. Daha sonra yeni yerleşim alanı altındaki kömürün çıkarılması aşamasına gelindiğinde, o zamanın yeni oluşturulan Eskihisar Köyü şimdi Mahalle Merkezi olan 3. yerleşim alanına taşınmıştır. Bu dönemlerde her zaman antik kentin içindeki evinden ayrılmadan, aynı alanda yaşamaya devam edenler olmuştur. Halen daha antik kent içindeki evinde oturan aileler bulunmaktadır.
Yerleşimin önemli yol ağları üzerinde bulunması nedeniyle, pek çok seyyah ve araştırmacı kente uğramış ve burası ile ilgili gözlem ve değerlendirmelerini aktarmışlardır. Stratonikeia’da ilk kazılar 1 Ağustos 1977 yılında Prof. Dr. Yusuf Boysal başkanlığında başlamış ve bu 1998 yılına kadar devam etmiştir. Bu dönemde kentte ilk çalışmalar Kuzey Şehir Kapısı’nda başlamış, Gymnasion ile devam etmiş ve buna Bouleuterion, Tiyatro ve Augustus-İmparatorlar Tapınağı da eklenmiştir. Bu süreçte, kentteki yapılarda sadece yaz döneminde çalışmalar yapılmış, uzun süreli olarak Stratonikeia’dan Lagina’ya giden Kutsal Yolun kenarında bulunan, Sur Duvarı’ndan itibaren İğdemir, Kabasakız, Aldağ ve Akdağ Nekropolleri’nde Kömür Dekupajı yapılacağından bu alanlarda çalışmalar yürütülmüştür. Daha sonra biraz ara verilmiş ve 2003 yılında Prof. Dr. M. Çetin Şahin başkanlığında bir ekip çalışmaya başlamış ve 2006 yılına kadar devam etmiştir. İkinci dönemde kent içinde yeni bir yapının kazısı yapılmayıp, daha çok önceki dönemin bir devamı niteliğinde çalışmalar sürdürülmüştür.
Önceki dönemlerde çok kısıtlı ödenek ve kısa sürelerde çalışmalar yapıldığından fazla bir ilerleme sağlanamamıştır. 1 Mayıs 2008 tarih ve 2008/132628 sayılı Bakanlar Kurulu Kararıyla Kültür ve Turizm Bakanlığı ile Pamukkale Üniversitesi adına Prof. Dr. Bilal SÖĞÜT başkanlığı altında bir ekip 2008 yılında burada çalışmaya başlamıştır. Halen bu süreç devam etmektedir.