Pamukkale Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi Gıda Mühendisliği Bölümü’nün kuruluş önerisi 1994 yılında Mühendislik Fakültesi Dekanlık görevini yürüten Prof. Dr. Hüsnü Yusuf GÖKALP tarafından yapılmıştır. Prof. Gökalp, 1994 yılında kurulan bölümün kurucu bölüm başkanı olmuştur. Gıda Mühendisliği Bölümü, 1995 yılında, 25 normal öğrenim ve 25 ikinci öğrenim öğrencisi ile eğitim-öğretime başlamıştır.
Prof. Dr. H. Yusuf GÖKALP’ten sonra öğretim üyesi olarak bölüme sırasıyla Yahya TÜLEK, Sebahattin NAS, Ramazan GÖKÇE, Ahmet Hilmi ÇON, İlyas ÇELİK, Aydın YAPAR atanmışlardır. Araştırma Görevliliği kadrosuna ilk atananlar ise Ahmet YAMAN, Raci EKİNCİ, Sami Gökhan ÖZKAL, Seher KAYA ve Fatma IŞIK olmuştur. Daha sonraki yıllarda Yusuf YILMAZ, Hüdai ERCOŞKUN, Neslihan ÇOLAK, Oğuz GÜRSOY, Çetin KADAKAL, Ömer ŞİMŞEK, Özlem ÜSTÜN, Haluk ERGEZER, Oktay YEMİŞ, Hakan KARACA, Engin DEMİRAY, Halil İbrahim KAYA, Ezgi ÖZGÖREN ÇAPRAZ, H. Betül YELER, Aysun YURDUNUSEVEN YILDIZ, Özlem ZAMBAK, Duygu ZEHİR ŞENTÜRK ve son olarak Ufuk Gökçe AYRANCI araştırma görevliliği kadrosuna atanmıştır. Bugün itibariyle Gıda Mühendisliği Bölümünde 8 Profesör, 3 Doçent, 3 Dr. Öğretim Üyesi olmak üzere 14 öğretim üyesi ve 2 Araştırma Görevlisi olmak üzere toplam 16 akademik personel; lisans eğitiminde 186 birinci, 36 ikinci öğrenim öğrencisinin mesleki eğitimlerini ve 28 yüksek lisans ve 19 doktora öğrencisinin yüksek lisans ve doktora çalışmalarını yürütmektedir. Bunun yanı sıra bölümdeki 2 öğrenci uygulama laboratuvarında lisans öğrencilerinin uygulamaları ve 6 araştırma laboratuvarında lisans, yüksek lisans ve doktora öğrencilerinin çeşitli konulardaki çalışmaları yürütülmekte ve yönlendirilmektedir. Yine aynı şekilde 9 personelin çalıştığı Unlu Mamüller Pilot Tesisi ile henüz eleman istihdamı yapılmayan, ancak öğrenci uygulamalarında kullanılan Et ve Et Ürünleri Pilot Tesisi de Gıda Mühendisliği Bölümü’nde araştırma ve eğitim faaliyetlerine önemli katkılar sağlamaktadır.