PAÜSEM, 2547 sayılı Yükseköğretim Kanunu'nun 7’nci maddesine göre 26.01.2002 tarihinde kurulmuştur. Faaliyetlerini, 2002-2005 yılları arasında Pamukkale Eğitim Vakfı'na ait PEV Koleji'nde, 2005-2023 yılları arasında Denizli Yükseköğretim Vakfı'na ait Denizli Merkez'de bulunan binada sürdürmüştür. Eylül 2023'te PAÜSEM, Çamlık'ta bulunan Denizli Teknik Bilimler Meslek Yüksekokulu Yerleşkesi'ne taşınmış olup eğitim faaliyetlerini yeni yerinde devam ettirmektedir. Ayrıca Pamukkale Üniversitesi öğrencilerinin kolay ulaşabilmesi ve merak ettiklerini danışabilmesi amacıyla Pamukkale Üniversitesi Kınıklı Yerleşkesi'nde bir de irtibat ofisi kurulmuştur. PAÜSEM bu iki şubesinde hem üniversite öğrencilerine, hem de dış paydaşlarına hizmet vermektedir.