Pamukkale Üniversitesi İlâhiyat Fakültesi  27.02.2012 tarih ve2012/2928 sayılı Bakanlar Kurulu Kararı ile  resmen kurulmuştur. 
2013-2014 Eğitim-Öğretim Yılında Üniversitenin Gümüşlerdeki kiralık olarak kullanılan ek binasında ek kontenjandan aldığı 40 öğrenci ile eğitim-öğretime başlamıştır. 2014 yılında Rektörlük binasının bodrum katına taşınmış, 2015 yılından itibaren de Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu  ile birlikte kullandığı mevcut binada eğitim-öğretime devam etmektedir.