Fakültemizin temelleri, 1987 yılında Dokuz Eylül Üniversitesi’ne bağlı olarak “Denizli Tıp Fakültesi” adı altında atılmıştır. Pamukkale Üniversitesi Tıp Fakültesi, 1994 yılında Denizli'deki Güneş binasında kendi hastanesini hizmete açarak önemli bir kilometre taşını geride bırakmıştır.
1996-1997 eğitim-öğretim yılından itibaren, IV, V ve VI. sınıf öğrencilerimiz (klinik eğitim), eğitimlerine Pamukkale Üniversitesi Tıp Fakültesi çatısı altında başlamıştır.
Fakültemiz, 1999-2000 eğitim-öğretim yılından bu yana, öğrenci merkezli ve "aktif eğitim" modelini benimseyerek tıp eğitiminde öncü bir yaklaşım sergilemektedir. Bu modern eğitim metodolojisi kapsamında; I, II ve III. sınıflarda "Probleme Dayalı Öğretim (PDÖ)", IV ve V. sınıflarda ise "Taska Dayalı Aktif Eğitim" modeli başarıyla uygulanmaktadır.
Dönem VI (İntörnlük) eğitiminde ise hekim adaylarımızın; koruyucu hekimliğin bilincini, bilimsel düşünceyi ve sürekli mesleki gelişimin önemini özümsemiş profesyoneller olarak yetişmeleri hedeflenmektedir.
Fakültemizin sunduğu eğitimin kalitesi, Mezuniyet Öncesi Tıp Eğitimi Programımızın Ulusal Tıp Eğitimi Akreditasyon Kurulu (UTEAK) tarafından 01.01.2017 tarihinde yeniden akredite edilmesiyle tescillenmiştir. Akreditasyonumuz kesintisiz olarak devam etmektedir.