Enstitümüz, Yüksek Öğretim Kurulu Başkanlığı’nın izinleriyle 16.02.2015 tarihinde Pamukkale Üniversitesi bünyesinde kurulmuştur. Enstitü bünyesinde Arkeoloji, Kültür Varlıklarını Koruma ve Onarım, Tekstil Arkeolojisi gibi Yüksek Lisans (Tezli) programları ile Arkeoloji Doktora programı yürütülmektedir. İlgili programlarda 2023 yılı itibariyle Arkeoloji Enstitüsü’nde; Arkeoloji Yüksek Lisans Programı: 32, Kültür Varlıklarını Koruma Onarım Yüksek Lisans Programı: 21 ve Arkeoloji Doktora Programı: 21 olmak üzere toplamda 74 öğrenci kayıtlıdır.