Pamukkale Üniversitesi resmi olarak 11 Temmuz 1992 tarihinde yayımlanan 3837 sayılı Kanun ile kurulmuştur. Fen Edebiyat Fakültesi, Rektörlüğe bağlı olarak ilk kurulan fakülteler arasında yer almıştır. 1994-1995 öğretim yılından itibaren Fen Edebiyat Fakültesi ilerleyen yıllarda fiziki altyapı, araştırma faaliyetleri, akademik ve idari personel sayısı ve niteliği bakımında gelişimini sürekli artırmıştır. Fen Edebiyat Fakültesi 25 Temmuz 2022 tarih ve 5868 Sayılı Kanun ile kapatılıp aynı tarih ve sayılı Cumhurbaşkanlığı kararı ile Fen Fakültesi olarak kurulmuş ve hali hazırda eğitim öğretim ve araştırma faaliyetlerini sürdürmektedir. İlgili tarihten itibaren Biyoloji, Fizik, İstatistik, Kimya Matematik, Moleküler Biyoloji ve Genetik bölümleri ile eğitime devam etmektedir. Tüm bilim dalları için çok önemli olan temel bilimleri içeren Fen Fakültemizin Biyoloji, Fizik, Kimya ve Matematik bölümleri her yıl %100’e yakın kapasite ile öğrenci kabul etmektedir. Bölümlerde yalnızca lisans eğitimi verilmek ile kalınmayıp, Üniversitemiz Fen Bilimleri Enstitüsü bünyesinde yer alan Biyoloji, Fizik, Kimya ve Matematik bölümlerinde Lisans Üstü programlarında Yüksek Lisans ve Doktora Eğitimleri de verilmektedir. Fen Fakültesi bünyesinde 18 derslik, 1 tanesi bilgisayar donanımlı olmak üzere, araştırma ve öğrenci kullanımı için toplam 46 laboratuvarı bulunmaktadır.
Fakültemiz hızla büyümeye ve gelişmeye devam etmekte olup, bu nicel gelişimden elde edilen tecrübeler doğrultusunda Eğitim öğretim hizmetlerinin niteliğini ve kalitesini de geliştirmektedir.