Türkiye’de ilk İlâhiyat Fakültesi, Tevhîd-i Tedrîsât Kanunu’nun âmir hükmü gereği 1924 yılında İstanbul’da Dârülfünûn İlahiyat Fakültesi adıyla kuruldu. 1933 yılında Dârülfünûn’un adının İstanbul Üniversitesi olarak değiştirilmesi hakkındaki kanunda yer almadığı için kapanan İlâhiyat Fakültesi’nden sonra ilk İlahiyat Fakültesi 1949 yılında Ankara Üniversitesi’ne bağlı olarak açılmıştır. Fakülte statüsündeki diğer bir kurum Atatürk Üniversitesi’ne bağlı olarak İslâmî İlimler Fakültesi adıyla Erzurum’da açılmıştır (12 Mart 1971). 2547 Sayılı YÖK Kanunu ile Yükseköğretim Kurulu’nun kurulması akabinde Milli Eğitim Bakanlığı’na bağlı olarak faaliyet gösteren İslam Enstitüleri fakülteye döndürülmüş böylece ilahiyat fakültelerinin sayıları artırılmıştır.
Pamukkale Üniversitesi İlâhiyat Fakültesi 27.02.2012 tarih ve2012/2928 sayılı Bakanlar Kurulu Kararı ile resmen kurulmuştur. 2012 ve sonrasında açılan çok sayıdaki ilahiyat ve İslâmî ilimler fakültelerinden biri de 2012 yılı Mart ayında kurulan Pamukkale Üniversitesi İlâhiyat Fakültesi’dir. Fakültemiz 2013-2014 öğretim yılında eğitim-öğretime başlamıştır.