BİTKİ GENOM ANALİZLERİ EĞİTİMİ

Eğitim Kapsamı

Moleküler bitki ıslahı gen ya da gen bölgelerine bağlantı gösteren moleküler markörlerin bitki ıslahında kullanılmasını kapsamaktadır. Günümüzde Moleküler ıslah çalışmalarının temelini oluşturan marköre dayalı seçilim (MAS) uygulamaları kısa sürede hastalıklara dayanıklı, yüksek kalite ve verim özelliklere sahip bitki çeşitlerinin geliştirilmesine olanak vermektedir. Ülkemizde çeşit geliştirme çalışmalarının etkin bir şekilde yapılabilmesi için moleküler ıslah yaklaşımının klasik bitki ıslah yaklaşımına entegre edilmesi kaçınılmaz olmuştur. Moleküler bitki ıslahı yaklaşımının çeşit geliştirme çalışmalarında kullanılmasının ilk aşaması, moleküler ıslah araç ve yöntemlerinin geliştirilmesini hedeflenen AR-GE çalışmalarının yapılmasıdır. Moleküler ıslah AR-GE aşamaları şu şekilde sıralanabilir;

1. Bitki spesifik moleküler markörlerin geliştirilmesi.

2. Bitki gen kaynaklarının moleküler karakterizasyonu.

3. Bitki çeşitleri için DNA parmak izi oluşturulması.

4. Çeşitli hastalık etmenlerine dayanıklılık sağlayan genlere bağlantı gösteren moleküler markörlerin geliştirilmesi (Gen haritalama).

5. Agronomik karakterleri kontrol eden kantitatif karakter lokuslarının (QTL) belirlenmesi.

Ülkemizde yapılan bu AR-GE çalışmaları kapsamlı genom analizlerini içermekte olup bu analizler sonucunda üretilen moleküler genetik veriler çeşitli yöntem ve algoritmalar kullanılarak analiz edilmektedir. Bu bağlamda, Pamukkale Üniversitesi Sürekli Eğitim Merkezi (SEM) bünyesinde gerçekleştirilecek Bitki Genom Analizleri: Moleküler Markör Veri analizi, katılımcılara bitki genom analizlerinde kullanılan çeşitli bilgisayar programlarının uygulamalı olarak öğretilmesini hedeflemektedir. Eğitimimizde tanıtılması hedeflenen analizler dört ana bölüme ayrılmıştır (Genetik çeşitlilik analizleri, Genetik bağlantı analizleri, Kantitatif karakter lokus analizleri ve SSR markörü geliştirme). Uygulamalı olan eğitimde dominant ve kodominant markör verileri kullanılarak veri analizleri öğretilecektir. Eğitimimiz her seviyede bitki genomiği alanında çalışan ya da çalışmak isteyen öğrenci, araştırmacı ve akademisyenlere açıktır. Ayrıca bitki genomiği dışında, moleküler markör uygulamalarının kullanıldığı diğer bilim dallarındaki araştırmacılara (Tıp, su ürünleri ve veterinerlik) eğitimimizin büyük katkısı olacaktır. Eğitim sonunda katılımcıların, genetik çeşitlilik, genetik bağlantı ve QTL analizlerini yapabilmeleri ve sonuçlarını rapor edebilmeleri hedeflenmektedir.

 

Bitki genom analizleri eğitimi ilk defa 2019 yılında verilmiştir. Eğitime, Üniversiteler ve TAGEM Enstitülerinden birçok araştırmacı katılarak bitki genom analizleri konusunda bilgi almışlardır. Eğimi alan araştırmacıların geri bildirimleri sonucu eğitimin yoğun içeriğinden dolayı eğitim süresi olan iki günün yeterli olmadığı anlaşılmıştır. Bu bağlamda, 2022 yılı eğitimini daha geniş bir zaman aralığında uzaktan eğitim olarak vermeyi planlıyoruz. Böylece konular daha iyi anlaşılacak ve  araştırmacıların daha çok uygulama yapma imkanı olacaktır. Eğitim bitki genomiği ve moleküler ıslahı alanında çalışmalar yürüten Dr. Öğr. Üyesi İbrahim Çelik tarafından verilecektir.

 

Ayrıntılı bilgiye 0546 573 58 18 numaralı telefondan ve https://www.pau.edu.tr/icelik web sayfasından ulaşabilirsiniz.

 

Eğitim Programı

1. Genetik Çeşitlilik Analizleri (3 hafta)

 1. Genetik çeşitlilik ve kümeleme analizleri: Genetik çeşitlilik analizlerinde kullanılan programlar tanıtılacaktır.

1.1. Hiyerarşik kümeleme analizi: DARwin (http://darwin.cirad.fr/)

1.2. Model tabanlı kümeleme analizi: Structure (https://web.stanford.edu/group/pritchardlab/structure.html)

1.3. Structure programı sonuç analizi: Structure Harvester (http://taylor0.biology.ucla.edu/structureHarvester/)

1.4. Çekirdek kolleksiyon oluşturulması (Core set selection): PowerCore (http://genebank.rda.go.kr/genebk/eng/PowerCore/ )

 2. Genetik Bağlantı Analizleri (2 hafta)

 2. Genetik bağlantı analizleri (Gen haritalama): Genetik bağlantı haritası oluşturulması ve gen haritalamada kullanılan program tanıtılacaktır.

2.1. JoinMap programı: (https://www.kyazma.nl/index.php/JoinMap/)

 3. Kantitatif Karakter lokus Analizleri (3 hafta) 

3. Kantitatif karakter lokus analizleri (QTL haritalama):  kantitatif karakter lokuslarının (QTL) belirlenmesinde kullanılan iki yaklaşım tanıtılacaktır.

3.1. QTL haritalama: Qgene (SMR ve CIM analizleri) (http://www.qgene.org/qgene/index.php)

3.2. İlişkilendirme haritalaması (Association mapping):Tassel (http://www.maizegenetics.net/tassel)

4. SSR markörü geliştirilmesi (2 hafta)

SSR markörü geliştirme (GMATA https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fpls.2016.01350/full )

 

Eğitmen: 

Dr. Öğr. Üyesi İbrahim Çelik

Kurs Günleri

Hafta 1 Gün 2 Saat Toplam 20 Saat

Cuma saat: 10:00 - 12:00

 

Başlangıç Tarihi :   

İletişim :  0 258 241 19 60 - 0 258 241 90 81

Eğitim Yeri :

Eğitim Süresi : 20  Saat

Eğitim Fiyatı : 2.000,00 TL